À peine entré à l’Université de Montréal en communication, Francis Gagnon se met déjà à jongler avec des idées, des idéaux, et des horaires de fou. Il débarque l’année suivante à l’Université Laval, où il entame une majeure en science politique. Sur le campus, Francis se concentre sur l’élaboration de projets. Par exemple, il participe à la création d’un journal, instaure les Discussions politiques et implante un système de parrainage des nouveaux étudiants en science politique. Désigné comme Personnalité masculine de l’année au Département de science politique en 1998, il obtient aussi la bourse Jean-Charles-Bonenfant en 1999. L’étudiant entamera bientôt un stage de dix mois à l’Assemblée nationale ainsi qu’une maîtrise en science politique.